Tahun 1527, Pulau Onrust jadi sengketa antara Kesultanan Banten dengan pasukan gabungan Demak dan Cirebon.
Saat itu Kesultanan Demak dan Cirebon mampu merebut Sunda Kelapa.
Tahun 1610, Belanda datang ke Pulau Onrust dan berupaya menjalin kesepakatan dengan penguasa Kesultanan Banten.
Setelah kesepakatan dikabulkan, Belanda menebang pohon-pohon di Pulau Onrust untuk dijadikan bahan pembuat kapal.
Sejak saat itu, pulau ini sangat ramai dan banyak disinggahi untuk sekedar perbaikan kapal atau singgah sementara sebelum hendak menuju Jayakarta atau Batavia.
Tahun 1619, Belanda menolak mengembalikan Pulau Onrust kepada Kesultanan Banten dan terjadilah pertempuran antara Belanda dan Kesultanan Banten.