2. Spanyol (1521 – 1692)
Penjelajah Spanyol tiba di Indonesia pada 8 November 1521, dipimpin oleh Juan Sebastian Elcano pertama kali mendarat di Maluku yang terkenal kaya akan rempah.
Namun sayangnya penjelajah yang dianggap sukses dari Spanyol ini harus menghadapi tantangan yang besar, yaitu Portugis yang lebih dahulu menduduki Maluku dan tidak menerima kedatangan Spanyol.
Menurut Portugis, Spanyol melanggar perjanjian Tordesillas yaitu perjanjian antara Spanyol dan Portugis yang terbit 7 Juni 1494, perjanjian ini mengatur perairan kedua negara, Spanyol harus berlayar ke Barat dan Portugis berlayar ke Timur.
Sisa-sisa peninggalan Spanyol salah satunya yaitu Benteng Tahula di Tidore Utara.
3. Belanda (1602 - 1942)
Penjelajah dari Belanda yang dipimpin Cornelis De Houtman pada tahun 1596 mampu mengusir Portugis ke Timor Timur dan Spanyol ke Filipina.
Belanda cukup lama menjajah di Indonesia, yakni selama tiga setengah abad.
Wilayah yang diduduki pertama kali adalah Banten di bawah komando Cornelis de Houtman, lalu pada 1692, Belanda menjarah Batavia.
Mereka mendirikan serikat dagang VOC yang terkenal kontroversional, VOC berhasil menyabotase kekayaan rempah-rempah Indonesia dengan membelinya dari petani dengan harga sangat murah, lalu dijual dengan sangat mahal.