Pengelolaan KKP3K Pulau Tunda dan Pulau Pamujan Besar ini menggunakan sistem zonasi yang terbagi dalam beberapa zona.
Baca Juga: Keunikan Desa Sawai Maluku Tengah, Desa Tertua Ada Sungai Asinahu Yang Mengalir di Depan Rumah
Zona inti, dimana zona ini merupakan zona area perlindungan habitat dan populasi ikan serta biota laut.
Zona pemanfaatan terbatas, pada zona ini dilakukan perlindungan habitat dan populasi yang bisa sa dimanfaatkan untuk kepentingan wisata bahari, sedangkan untuk zona lainnya digunakan sebagai area rehabilitasi.
Dengan sistem zonasi ini, diharapkan potensi sumber daya kelautan dan perikanan di Pulau Tunda dan Pulau Pamujan Besar dapat terjaga dengan baik.
Selain itu juga sekaligus dapat meningkatkan perekonomian masyarakat sekitar pulau dari sektor perikanan maupun sektor wisata bahari.
Berikut ini beberapa potensi sumber daya perikanan dan kelautan yang dapat dikembangkan pada Pulau Tunda dan Pulau Pamujan Besar:
1. Perikanan tangkap
Beberapa jenis ikan tangkap disekitar pulau ini diantaranya seperti ikan kembung, ikan cendro, ikan tenggiri, ikan layaran, ikan kuniran dan ikan kakap merah.
2. Budidaya kerapu dan udang lobster