Adapun gejala yang ditimbulkan dari Virus Nipah antara lain:
1. Demam
2. Sakit kepala
3. Myalgia (nyeri otot)
4. Muntah-muntah
5. Sakit tenggorokan
6. Pusing
7. Mudah mengantuk
Penurunan kesadaran dan tanda-tanda neurologis lain yang menunjukkan pada esefalitis akut.
Beberapa orang dapat mengalami pneumonia atopik dan gangguan saluran pernapasan berat.