Namun, dari keenam pasangan calon tersebut, pasangan Abdurrahman Wahid dan Marwah Daud Ibrahim tidak lolos karena berdasarkan tes kesehatan, Abdurrahman Wahid dinilai tidak memenuhi kesehatan.
Kemudian, Pemilu putaran pertama diselenggarakan pada tanggal 5 Juli 2004 yang diikuti 5 pasangan calon.
Berdasarkan hasil pemilihan umum yang diumumkan pada tanggal 26 Juli 2004, dari 153.320.544 orang pemilih terdaftar, 122.293.844 orang (79,76%) menggunakan hak pilihnya.
Dari total jumlah suara, 119.656.868 suara (97,84%) dinyatakan sah, dengan rincian sebagai berikut:
1. Wiranto-Salahuddin Wahid mendapat 26.286.788 suara atau 22,15 persen.
2. Megawati Soekarnoputri-Hasyim Muzadi mendapat 31.569.104 suara atau 26,61 persen
3. Amien Rais-Siswono Yudo Husodo mendapat 17.392.931 suara atau 14,66 persen
4. Susilo Bambang Yudhoyono-Muhammad Jusuf Kalla mendapat 39.838.184 suara atau 33,57 persen.
5. Hamzah Haz-Agum Gumelar mendapat 3.569.861 suara atau 3,01 persen.
Karena tidak ada satu pasangan yang memperoleh suara lebih dari 50 persen, maka diselenggarakan pemilihan putaran kedua yang diikuti oleh 2 pasangan calon yang memperoleh suara terbanyak pertama dan kedua, yakni Susilo Bambang Yudhoyono-Muhammad Jusuf Kalla (SBY-JK) dan Megawati Soekarnoputri-Hasyim Muzadi.