Pemilihan umum atau Pemilu Presiden dan Wakil Presiden Indonesia putaran kedua pun diselenggarakan pada tanggal 20 September 2004 diikuti dua pasangan calon.
Berdasarkan hasil pemilihan umum yang diumumkan pada tanggal 4 Oktober 2004, dari 150.644.184 orang pemilih terdaftar, 116.662.705 orang (77,44%) menggunakan hak pilihnya.
Dari total jumlah suara, 114.257.054 suara (97,94%) dinyatakan sah, dengan rincian sebagai berikut:
1. Megawati Soekarnoputri-Hasyim Muzadi mendapat 44.990.704 suara atau 39,38 persen.
2. Susilo Bambang Yudhoyono-Muhammad Jusuf Kalla mendapat 69.266.350 suara atau 60,62 persen.
Berdasarkan hasil pemilihan umum atau Pemilu Presiden dan Wakil Presiden Indonesia putaran kedua yang digelar 20 September 2004 tersebut, pasangan calon Susilo Bambang Yudhoyono dan Muhammad Jusuf Kalla ditetapkan sebagai Presiden dan Wakil Presiden Indonesia terpilih periode 2004-2009.***