Dalam mengajarkan agama, KH Ahmad Dahlan membuka wawasan dengan metode tanya jawab dan kebebasan mengajukan pertanyaan. Pembaharuan dua arah ini sangat berbeda dengan pendidikan tradisional yang hanya satu arah.
3. Pembaharuan Kelembagaan dan Sarana Prasarana
Terobosan yang dilakukan KH Ahmad Dahlan tidak hanya berhenti pada substansi pengajaran. Ia juga mengangkat citra pendidikan Islam dari yang tadinya bersifat non formal menjadi sekolah formal.
Secara kelembagaan, kini sekolah Islam telah setara dengan sekolah-sekolah Belanda.
Ahmad Dahlan telah berhasil meletakkan landasan lahirnya pendidikan modern. Sistem sekolah Islam dan madrasah yang sekarang ini merupakan model lembaga pendidikan Islam yang paling dominan yang merupakan pengembangan yang lebih lanjut dari sistem sekolah dan madrasah yang dikembangkan oleh Ahmad Dahlan.
Dalam bidang sarana prasarana Ahmad Dahlan juga mencontek pendidikan Barat. Jika dulunya pendidikan Islam di pesantren diselenggarakan apa adanya dengan duduk lesehan, kali ini KH Ahmad Dahlan membuatnya berbeda.
Ia membuat ruang kelas lengkap dengan bangku, meja tulis, dan papan tulis, persis seperti sekolah Belanda.
Demi memenuhi sarana pendidikan tersebut, Ahmad Dahlan menjual perabotan rumahnya dan mengerjakan sendiri pembuatan mebel dibantu para muridnya.
4. Pendidikan Lintas Iman
Sumbangan pendidikan Ahmad Dahlan yang sangat penting adalah pendidikan antar iman.