Pulau ini dahulu dijadikan area pemakaman oleh Belanda dan penduduk setempat.
Namun sumber lain mengatakan dahulu di pulau ini terdapat banyak tanaman kelor, oleh karena itu dinamakan Pulau Kelor.
Secara populasi tanaman kelor telah musnah akibat terkena abrasi air laut yang kuat, namun kadang masih ditemukan beberapa tanaman yang tumbuh.
Pada tahun 1938 Kepulauan Seribu menjadi sebuah onderdistrict bernama onderdistrict duizend eilanden di dalam distrik Batavia, hal ini dijelaskan dalam pembagian administrasi Pulau Jawa.
Kabupaten Kepulauan Seribu merupakan gugusan kepulauan yang terletak di sebelah utara Jakarta tetapi kebanyakan berada di perairan Utara Kabupaten Tangerang Banten.
Ibukota Kabupaten Kepulauan Seribu terletak di Pulau Pramuka.