Fosil-fosil reptil yang sangat mirip dengan Komodo, telah banyak ditemukan di daerah-daerah tersebut.
Termasuk fosil raksasa sepanjang 7 meter yaitu Varanus Priscus atau yang dikenal dengan Megalania.
Reptil Megalania ini mulai punah pada masa Pleistosen yaitu ketika manusia tiba dan memburu mereka.
Alasan mengapa Komodo bisa bertahan dari perburuan manusia, adalah karena habitat mereka yang relatif terpencil seperti di pulau-pulau kecil di Maluku.
Sementara kerabat Komodo lainnya lebih dulu punah karena berhabitat di wilayah yang mudah dicapai oleh manusia.
Seperti Varanus Kristus yang mendiami ekosistem Australia, Varanus Gikanteus yang juga sama dan Varanus Parnus yang ditemukan di Fiji.
Selain itu, Komodo sendiri diperkirakan berdiversifikasi setidaknya 4 juta tahun yang lalu di Australia.
Jadi, pada saat ketinggian permukaan air laut turun dan Australia bergeser semakin dekat ke Asia Tenggara, Komodo memanfaatkan periode-periode ini untuk menyebar ke utara atau tepatnya ke Indonesia.
Pada saat ketinggian air laut naik lagi dan merendam paparan benua, maka yang tersisa saat itu adalah pulau-pulau kecil yang sekarang menjadi tempat tinggal Komodo yaitu di Nusa Tenggara Timur (NTT).