Kejadian itu dibalas oleh Daendels dengan menyerang Keraton Surosowan. Pada hari itu juga Keraton Surosowan berhasil dikuasai Daendels, dan Sultan Banten ditangkap dan diasingkan ke Ambon.
Untuk menjalankan roda pemerintahan, Daendels mengangkat Sultan Aliyudin II yang diharuskan untuk setia, taat dan mematuhi segala peraturan yang dikeluarkan oleh Pemerintahan Hindia Belanda.
Sultan dijadikan pegawai pemerintahan kolonial, hal ini membangkitkan kemarahan Pangeran Ahmad yakni Putra Sultan Aliyudin II.
Pangeran Ahmad memimpin rakyat untuk melawan pemerintahan kolonial. Daendels curiga bahwa Sultan Banten ada di balik perlawanan tersebut, sehingga Sultan Banten ditangkap dan kemudian benteng serta Keraton Surosowan dihancurkan dan dibakar.
Pada saat Raffles datang ke Pulau Jawa pada tahun 1811, Kesultanan Banten pada saat itu dipimpin oleh Sultan Syafrudin di mana pusat pemerintahan berada di Keraton Kaibon, Raffles memaksa Sultan Syafrudin untuk menyerahkan Pemerintahan Banten.
Dan status Sultan diubah menjadi Bupati, dengan demikian berakhirlah eksistensi Kesultanan Banten.
Seluruh wilayah Banten telah dikuasai oleh pemerintahan kolonial dan dijadikan sebagai sebuah keresidenan.
Sultan menjadi aparat pemerintahan dengan status sebagai bupati yang berada di bawah kresidenan.