Kubah-kubah ini berwarna gold dan dihiasi oleh kaligrafi ayat-ayat Alquran.
Dengan arsitek seperti ini Masjid Raya Al Azhom tidak memerlukan tiang-tiang untuk menyangga kubah dan desain tersebut bisa menciptakan ruangan masjid terasa luas, lapang dan tanpa pembatas.
5 kubah mempunyai makna Filosofi 'kita harus mendirikan shalat lima waktu'.
Di sudut masjid terdapat 4 menara yang mencerminkan empat ilmu yaitu Ilmu Bahasa Arab, Syariah, Sejarah dan Filsafat.
Bentuk menara ramping dan runcing pada ujungnya, masing-masing menara memiliki ketinggian hingga 55 meter.
30 meter tinggi menara mencerminkan jumlah 30 juz Alquran dan 6 meter tinggi kuncup menara mencerminkan enam rukun iman.
Lantai ruangan utama terbuat dari batu granit Cina yang terasa adem dan nyaman.
Selain itu masjid ini terdapat banyak ventilasi udara dan jendela-jendela sehingga suasana ruangan terasa adem dan sejuk.