Baca Juga: Ada Kisah Pangeran Sunyararas, Ini Sejarah Masjid Agung Tanara di Kabupaten Serang Banten
Masyarakat sekitar sering menyebut masjid ini sebagai Masjid Agung Kesultanan Kenari.
Konon masjid ini merupakan masjid tertua ke-3 di Banten.
Masjid Kenari dibangun pada tahun 1596 – 1651 oleh Sultan Abul Mafakhir Mahmud Abdul Kadir.
Sultan Abul Mafakhir merupakan raja ke-4 dan penguasa pertama Kesultanan Banten yang mendapat gelar 'Sultan' langsung dari Mekkah.
Sultan Abul Mafakhir merupakan raja paling lama berkuasa di Banten.
Beliau putra dari Sultan Muhammad Pangeran Ratu ing Banten atau Maulana Muhammad.
Sedangakan ibunya bernama Nyimas Ratu Ayu Wanagiri.
Maulana Muhammad meninggal di usia masih muda, beliau gugur saat berperang melawan Palembang.