Setelah Maulana Muhammad wafat, kekuasaan Kesultanan Banten dilanjutkan oleh Sultan Abul Mafakhir dan membawa ke puncak kegemilangan.
Pada masa kekuasaan Sultan Abul Mafakhir tersebut telah banyak dihasilkan diantaranya teknologi tradisional dan karya tulis serta tempat ibadah berupa Masjid Kenari ini.
Awalnya Masjid Kenari dibangun untuk peristirahatan para sultan Banten namun berkembang juga menjadi tempat pengajian dan berdiskusi tentang berbagai bidang ilmu diantaranya Ilmu Perekonomian dan Ilmu Politik.
Setelah Sultan Abul Mafakhir wafat, kekuasaan Kesultanan Banten dilanjutkan oleh putra yang bernama Sultan Abul Maali Ahmad.
Fisik Masjd Kenari
Luas Masjid Kenari diperkirakan sekitar 300 meter persegi namun hanya 225 meter persegi yang terpakai untuk bangunan.
Masjid ini memiliki bangunan yang cukup kokoh, dindingnya tebal dan tinggi.